Vous avez plusieurs outils à votre disposition pour vous permettre de gérer cette base de données interne :

Vous pouvez déplacer la base de données vers un autre disque :

Et vous pouvez limiter la quantité d’enregistrements que garde Nuabee Backup :

Vous pouvez compresser la base de données 

La compression supprime les informations non importantes de la base de données sur les fichiers supprimés ou sur les opérations non impactent les fichiers présents.
Techniquement, c'est l'opération Vacuum qui est exécuté sur la base de données SQLite (https://www.sqlite.org/lang_vacuum.html).